O uso do biodiesel tem um extenso rol de vantagens, nomeadamente ecológicas, técnicas, de segurança e, obviamente, económicas.

No que diz respeito ao ambiente, o uso de biodiesel diminui a emissão de dióxido e monóxido de carbono. É, também, um importante meio de combate ao efeito de estufa, uma vez que ao dióxido de carbono emitido no seu uso corresponde a captura desse mesmo gás durante o cultivo das plantas a partir das quais se produz biodiesel.

Talvez uma das mais notáveis vantagens ecológicas seja a ausência de emissão de compostos sulfurosos para a atmosfera. Neste aspecto, é reduzida a, literalmente, zero toda a contribuição para a ocorrência de chuvas ácidas.

As vantagens económicas são múltiplas, começando pelo preço competitivo e pela elevada performance e rendimento alcançados através do uso deste combustível.